离线安装 R / Python 包教程

机房服务器无外网，如需安装清单之外的 R 包或 Python 包，按以下步骤操作。

原理

R 包：在有网的个人电脑上下载源码（.tar.gz）及依赖 → 通过堡垒机上传 → 服务器离线安装。
Python 包：优先从服务器本地的 wheel 仓库（/data/python-wheels）直接安装，无需个人电脑；仓库没有的包，才走「个人电脑下载源码包 → 上传 → 安装」。

全程不需要 sudo 权限，不需要去机房插 U 盘。

准备工作

个人电脑安装与服务器相同版本的 R（R 4.6.1）
建议版本完全一致，避免版本差异导致安装失败
能通过堡垒机 SSH 登录服务器
（Python 方式二需要）个人电脑装有 Python 和 pip

步骤一：在有网电脑上下载包

以安装 lme4 为例（替换成你需要的包名）：

# 在个人电脑的 R 中执行
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))  # 先设置镜像源

target_pkg <- "lme4"

# 获取该包及其所有依赖
deps <- tools::package_dependencies(target_pkg, 
                                     db = available.packages(), 
                                     which = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
                                     recursive = TRUE)
all_pkgs <- unique(c(target_pkg, unlist(deps)))

# 下载所有包的源码
dir.create("offline_pkgs")
download.packages(all_pkgs, destdir = "offline_pkgs", type = "source")

cat("下载完成，共", length(all_pkgs), "个包\n")

如清华镜像下载慢，把上面 options 里的地址换成官方源 https://cloud.r-project.org/ 即可。

步骤二：通过堡垒机上传到服务器

上传操作说明见专门文档：堡垒机上传说明。

步骤三：在服务器上安装

SSH 登录服务器后，在 R 中执行：

# 安装 offline_pkgs 目录下的所有包
pkg_path <- "~/offline_pkgs"                          # 上传到 home 的路径
pkg_files <- list.files(pkg_path, pattern = "\\.tar\\.gz$", full.names = TRUE)

install.packages(pkg_files, repos = NULL, type = "source")

安装完成后确认：

library(lme4)   # 替换成你的包名，应成功加载

Bioconductor 包的离线安装

Bioconductor 包同样用 download.packages() 下载，只需指定 Bioconductor 源。在个人有网电脑的 R 中：

library(BiocManager)

# Bioconductor 源（含 BioCsoft、BioCann、CRAN）
bioc_repos <- BiocManager::repositories()

# 以 DESeq2 为例（替换成你需要的包名）
target_pkg <- "DESeq2"

# 获取该包及其所有依赖
deps <- tools::package_dependencies(target_pkg,
                                     db = available.packages(repos = bioc_repos),
                                     which = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
                                     recursive = TRUE)
all_pkgs <- unique(c(target_pkg, unlist(deps)))

# 下载所有包的源码
dir.create("offline_pkgs")
download.packages(all_pkgs, destdir = "offline_pkgs", type = "source", repos = bioc_repos)

cat("下载完成，共", length(all_pkgs), "个包\n")

上传与安装方式与普通 R 包完全相同（见步骤二、步骤三）。

Python 包的离线安装

服务器已配置本地 wheel 仓库 /data/python-wheels 和默认离线源，补包很简单。

方式一：克隆环境后装（推荐）

登录服务器后，先激活 work 环境（若 conda 提示 command not found，先执行下面第 0 步的 source），再克隆一份自己的环境装包：

# 0. 加载 conda 并激活 work 环境（每次新登录执行一次；若已自动激活可跳过）
source /data/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate work

# 1. 克隆 work 到自己的环境（只需做一次；--offline 避免断网时联网卡住）
conda create -p ~/envs/myenv --clone /data/miniconda3/envs/work --offline

# 2. 激活自己的环境
conda activate ~/envs/myenv

# 3. 从本地仓库离线安装
pip install 包名

pip 已配置为从本地仓库 /data/python-wheels 离线安装。

只能安装仓库里已有的包。查看仓库有哪些包：

ls /data/python-wheels/

方式二：仓库没有的包

如果需要的包不在本地仓库，在有网的个人电脑下载源码包后上传（源码包跨平台，Windows 电脑下载也能在 Linux 服务器上编译安装）：

1. 个人电脑下载源码包（含依赖）：

pip download --no-binary=:all: -d my_wheels 包名

注意：不要用 --only-binary=:all:，否则 Windows 电脑会下载 Windows 版 wheel，Linux 服务器装不了。

2. 通过堡垒机把 my_wheels/ 上传到服务器 home 目录（见步骤二的上传说明）。

3. 在自己环境中离线安装（先按方式一克隆并激活自己的环境）：

pip install --no-index --find-links=~/my_wheels 包名

纯 Python 包（无 C 扩展）可直接安装；带 C 扩展的包若编译报错缺系统库，联系管理员安装对应 lib*-dev。

常见问题

问题	原因	解决
编译报错 `xxx.h: No such file`	缺少系统依赖（`lib*-dev` 包）	联系管理员安装对应的 `lib*-dev`
`package is not available`	个人电脑和服务器 R 版本不同	两台机器都用 `R 4.6.x`
某些包从 CRAN 下载超时	默认镜像网络慢	有网电脑上换清华镜像（见步骤一）
安装后 `library()` 报依赖缺失	上传时漏掉了某些依赖包的 tar.gz	重新下载，确保 `recursive = TRUE`
`pip install` 报 `No matching distribution found`	本地 wheel 仓库没有该包	用「方式二」从有网电脑下载源码包上传后安装
下载的 wheel 服务器装不上	Windows 电脑下了 Windows 版 wheel	改用 `--no-binary=:all:` 下载源码包（见方式二）

建议

先在有网电脑试通流程：下载 → 上传 → 安装，确保整套流程没问题
上传后及时安装：不要上传完放几天，避免被清理

安装完记录版本：

R -e 'write.csv(as.data.frame(installed.packages()[, c("Package","Version")]), 
               "~/package_versions.csv", row.names=FALSE)'

刘岚实验室